Bem como nos jogos prévios de uma série o personagem principal — o encanador Mario. O rei vilão Kupa sequestra a princesa Toadstul e aprisiona o dinossauro de Yosha em um ovo. Mario solta Yosha e montado nele vai até a fechadura do rei Kupy para resgatar a princesa. Os inimigos no caminho são tartarugas, navios de guerra e outros animais. Curiosamente, no jogo não há inimigo (separado de uma armadura) sem habilidades que são destruídas por um salto normal de Mario com um golpe (por exemplo, o morcego é morto Mario com um golpe, mas é ativado se Mario se aproxima dele perto , e voa em uma trajetória curva.)